Classes
		m_Atlas m_Bounds m_Cluster m_Coord m_Coord4D m_Des m_Hist m_ImageDims m_ImageType m_Mango m_ProjMan m_ROI m_ROIData m_ROILine m_ROIMask m_ROIPoint m_Range m_Stat m_StatPoint m_Surf m_SurfMan m_SurfShape m_Transform m_Vol m_VolMan m_VoxelDims   class m_Atlas     A class that implements Atlas can be used to provide labels for coordinate positions within an image.     Methods defined here: clear() Call to clear atlas of resources. getLabel(xPos, yPos, zPos) Returns labels based on a coordinate position. The maximum length of the return array is MAX_RETURN_LABELS_LENGTH. The maximum length of a label is MAX_LABEL_SIZE. Regarding the return value, an index of 0 indicates the most general label level, while an index of (MAX_RETURN_LABELS_LENGTH - 1) would indicate the finest label level.          Args:            xPos (float) : the x coordinate position            yPos (float) : the y coordinate position            zPos (float) : the z coordinate position        Returns:            (str) the labels found at that position loadAtlas(tempDir) Loads the atlas. This method is called only once in the lifetime of the application instance, i.e., the first time the atlas is used.   Args:     tempDir (File) : temporary directory where atlas image data can be stored, if necessary Data descriptors defined here: MAX_LABEL_LENGTH_ONE_COLUMN (int) MAX_LABEL_LENGTH_TWO_COLUMN (int) MAX_RETURN_LABELS_LENGTH (int) maxReturnedLabels (int) max number (read-only)   class m_Bounds     Stores image bounds.     Methods defined here: inBounds(xLoc, yLoc, zLoc) Returns true of the specified location is within bounds.   Args:     xLoc (int) : X location     yLoc (int) : Y location     zLoc (int) : Z location Returns:     (bool) true of the specified location is within bounds setRangeT(minT, maxT) Set series bounds.   Args:     minT (int) : the minimum series index     maxT (int) : the maximum series index setRangeX(minX, maxX) Set X bounds.   Args:     minX (int) : the minimum x index     maxX (int) : the maximum x index setRangeY(minY, maxY) Set Y bounds.   Args:     minY (int) : the minimum y index     maxY (int) : the minimum y index setRangeZ(minZ, maxZ) Set Z bounds.   Args:     minZ (int) : the minimum z index     maxZ (int) : the maximum z index setValues(minX, maxX, minY, maxY, minZ, maxZ, minT, maxT) Set XYZT bounds.   Args:     minX (int) : the minimum x index     maxX (int) : the maximum x index     minY (int) : the minimum y index     maxY (int) : the minimum y index     minZ (int) : the minimum z index     maxZ (int) : the maximum z index     minT (int) : the minimum series index     maxT (int) : the maximum series index valuesHaveBeenSet() Returns true if setValues() has been called.   Returns:     (bool) true if setValues() has been called. Data descriptors defined here: maxT (int) T upper bound (read-only) maxX (int) X upper bound (read-only) maxY (int) Y upper bound (read-only) maxZ (int) Z upper bound (read-only) minT (int) T lower bound (read-only) minX (int) X lower bound (read-only) minY (int) Y lower bound (read-only) minZ (int) Z lower bound (read-only) singleSlice (bool) true if the upper and lower bounds of X, Y, or Z are the same (read-only)   class m_Cluster     The result of a cluster operation.     Data descriptors defined here: analysis (m_Stat) an analysis of this cluster region (read-only) volume (m_Vol) the ImageVolume associated with this cluster (read-only)   class m_Coord     Coordinate stores information about a point in space.     Methods defined here: distance(coor) Returns the distance between this Coordinate and another.   Args:     coor (Coordinate) : the other coordinate Returns:     (float) The distance between this Coordinate and another. setValues(x, y, z) Sets the values of this Coordinate.   Args:     x (float) : The X value.     y (float) : The Y value.     z (float) : The Z value. setValuesRound(x, y, z) Sets the values of this Coordinate and rounds the integer values.   Args:     x (float) : The X value.     y (float) : The Y value.     z (float) : The Z value. Data descriptors defined here: COORDINATE_TYPE_ATLAS (int) COORDINATE_TYPE_INDEX (int) COORDINATE_TYPE_MM (int) COORDINATE_TYPE_WORLD (int) OUT_OF_RANGE (float) allZeros (bool) Returns true if all values are zero; false otherwise. (read-only) outOfRange (bool) true if any coordinate value is NaN (read-only) values (float) an array of coordinate values (read-only)   class m_Coord4D     Coordinate4D extends Coordinate and includes a series dimension.     Methods defined here: setValues(x, y, z, seriesPoint) Sets the values of this Coordinate4D.   Args:     x (float) : the X location     y (float) : the Y location     z (float) : the Z location     seriesPoint (int) : the series point Data descriptors defined here: seriesPoint (int) the series point (read-only)   class m_Des     ImageDescription contains textual information describing the image.     Methods defined here: anonymize() Clears this data. hasBeenEdited() Returns true if this object has been edited since construction.   Returns:     (bool) true if edited, false otherwise Data descriptors defined here: ID (str) the scan ID allID (str) ID and name (read-only) associatedFiles (java.net.URI) an array of files description (str) the description dicomItems (java.util.Map) a map of dicom tags to data file (java.net.URI) the URI imageTypeDescription (str) a description of the image type name (str) the scan name studyDate (java.util.Date) the study date title (str) a nice title for this image   class m_Hist     The result of a histogram operation.     Methods defined here: getSelectedBinEndIndex(color) Returns the selection end bin index for the specified ROI color.   Args:     color (int) : the ROI color index Returns:     (int) the selection end bin index getSelectedBinStartIndex(color) Returns the selection start bin index for the specified ROI color.   Args:     color (int) : the ROI color index Returns:     (int) the selection start bin index Data descriptors defined here: binCounts (int) an array of histogram bin counts (read-only) binRangeMaximums (float) an array of histogram bin range maxs (read-only) binRangeMinimums (float) an array of histogram bin range mins (read-only) max (float) the histogram range max (read-only) min (float) the histogram range min (read-only) numBins (int) the number of histogram bins (read-only) selectedColors (java.util.List) a list of ROI color indices (read-only)   class m_ImageDims     ImageDimensions contains information related to image size in columns/rows/slices and x/y/z orientations, as well as timepoints and offset.     Methods defined here: inRange(coord) Returns true if the specified coordinate is within the range of these dimensions.   Args:     coord (Coordinate) : the coordinate to test Returns:     (bool) true if the specified coordinage is within the range of these dimensions setValues(id, updateXYZ) Set the values of this ImageDimensions to that of another.   Args:     id (ImageDimensions) : replacement ImageDimensions object     updateXYZ (bool) : xyz values will be replaced, if true Data descriptors defined here: SLICE_DIRECTION_AXIAL (int) SLICE_DIRECTION_CORONAL (int) SLICE_DIRECTION_SAGITTAL (int) cols (int) number of columns in a volume of this image (read-only) imageOffset (int) size of image offset imageOffsets (int) an array of image ofsets imageTrailer (int) the number of bytes in the image trailer numVoxelsSlice (int) number of voxels in a slice of this image (read-only) numVoxelsTimeseries (long) number of voxels in this image (read-only) numVoxelsVolume (int) number of voxels in a volume of this image (read-only) rows (int) number of rows in a volume of this image (read-only) slices (int) number of slices in a volume of this image (read-only) tiled (bool) true if the data is tiled timepoints (int) number of timepoints in this image valid (bool) true, if valid (read-only) x (int) size of X dimension y (int) size of Y dimension z (int) size of Z dimension   class m_ImageType     ImageType stores information related to data type and data mask.     Methods defined here: convertByteTypeToString() convertToSigned(it) Converts datatype from unsigned integer to signed integer. If not unsigned integer, nothing is changed.   Args:     it (ImageType) : the ImageType object Returns:     (m_ImageType) the same ImageType object createBitMask() Returns a bit mask based on the number of bytes and bits stored per voxel.   Returns:     (long) bit mask getTypeMax(forceAsUnsigned) Get the maximum value of this type.   Args:     forceAsUnsigned (bool) : force method to consider type as unsigned Returns:     (float) max value getTypeMin(forceAsUnsigned, forceAsSigned) Get the minimum value of this type.   Args:     forceAsUnsigned (bool) : force method to consider type as unsigned     forceAsSigned (bool) : force method to consider type as signed Returns:     (float) min value getWorkBufferImageType() Returns an ImageType which is a 4-byte float, 32 bits stored, and big endian.   Returns:     (m_ImageType) an ImageType of a work buffer setValues(it) Set the values of this ImageType to that of another.   Args:     it (ImageType) : replacement ImageType object Data descriptors defined here: BYTE_TYPE_BINARY (int) BYTE_TYPE_COMPLEX (int) BYTE_TYPE_FLOAT (int) BYTE_TYPE_INTEGER (int) BYTE_TYPE_INTEGER_UNSIGNED (int) BYTE_TYPE_RGB (int) BYTE_TYPE_UNKNOWN (int) COMPRESSION_TYPE_DICOM (int) COMPRESSION_TYPE_DICOM_JPEG2000 (int) COMPRESSION_TYPE_DICOM_JPEG_BASELINE (int) COMPRESSION_TYPE_DICOM_JPEG_LOSSLESS (int) COMPRESSION_TYPE_DICOM_RLE (int) COMPRESSION_TYPE_GZIP (int) COMPRESSION_TYPE_NONE (int) RGBBySample (bool) true if RGB data is stored by sample RGBMode (bool) true if the RGB data is to interpreted as color RGBPalette (bool) true if this data uses a RGB palette ascii (bool) true if ascii state flag is set bitsStored (int) number of bits stored (read-only) byteType (int) byte type code (read-only) byteTypeString (str) byte type name (read-only) compressed (bool) true if this data was compressed (read-only) compressionType (int) the compression type integer (bool) true if the byte type is integer (read-only) littleEndian (bool) true if byte order is little endian; false otherwise (read-only) nativeType (m_ImageType) the native image type numBytesPerVoxel (int) number of bytes per voxel (read-only) valid (bool) true if the ImageType is valid, false otherwise (read-only)   class m_Mango     An application context. This is the most executive class in the application and maintains a list of open VolumeManagers.     Methods defined here: capture() Programmatically clicks the Toolbox camera button. createColorPickerButton(manager, listener, showUsedOnly) Creates a ROI color picker widget.   Args:     manager (VolumeManager) : the VolumeManager     listener (MangoColorSelectedListener) : the listener     showUsedOnly (bool) : true to enable only used ROI colors, false otherwise Returns:     (javax.swing.JButton) the ROI color picker widget exit() Exit the application and clear all resources. getAllVolumeManagersFrom(manager) Returns a list of all currently loaded VolumeManagers, starting with the specified manager.   Args:     manager (VolumeManager) : the starting VolumeManager Returns:     (java.util.List) a list of all currently loaded VolumeManagers getOtherVolumeManagers(manager) Returns a list of all the currently loaded VolumeManagers, except the specified.   Args:     manager (VolumeManager) : the VolumeManager to ignore Returns:     (java.util.List) a list of all the currently loaded VolumeManagers, except the specified makeNewVolume() Creates a new ImageVolume.   Returns:     (m_Vol) a new ImageVolume makeNewVolumeManager(imageDims, voxelDims, imageType, buffers, readOnly, name) Create a new VolumeManager with an empty image.   Args:     imageDims (ImageDimensions) : the image dimensions     voxelDims (VoxelDimensions) : the voxel dimensions     imageType (ImageType) : the image type     buffers (java.nio.ByteBuffer[]) : the buffer array (one per series point)     readOnly (bool) : true if the image is read-only, false otherwise     name (str) : a name for the image Returns:     (m_VolMan) a new VolumeManager makeNewVolumeManagerURL(url) Creates a new VolumeManager by loading an ImageVolume from the specified URL.   Args:     url (str) : the location of the ImageVolume to load Returns:     (m_VolMan) a new VolumeManager makeProgressMeter() Creates a ProgressMeter.   Returns:     (edu.uthscsa.ric.mango.ProgressMeter) a ProgressMeter runScript(scriptName) Runs the specified script.   Args:     scriptName (str) : the name of the script to run setAtlas(name) Sets the current Atlas.   Args:     name (str) : the name of the atlas to make current setToolRange(useRange, min, max, onlyWhenShiftKeyPressed) Sets the ROI tool intensity range.   Args:     useRange (bool) : true to use range, false to not use range     min (float) : the tool range minimum     max (float) : the tool range maximum     onlyWhenShiftKeyPressed (bool) : only enable the range when the Shift key is depressed setToolRelativeRange(range) Sets the ROI tool relative range (only applies to "magic wand" Add tool).   Args:     range (float) : the range, above and below, the selected voxel value updateViewers() Redraws all the VolumeManagers. Data descriptors defined here: TOOL_MODE_ADD_POINT (int) TOOL_MODE_ADD_REGION (int) TOOL_MODE_DRAW_ELLIPSE (int) TOOL_MODE_DRAW_RECT (int) TOOL_MODE_NAV (int) TOOL_MODE_PAINT_ELLIPSE_EDIT (int) TOOL_MODE_PAINT_ELLIPSE_ERASE (int) TOOL_MODE_PAINT_ELLIPSE_PAINT (int) TOOL_MODE_PAINT_RECT_EDIT (int) TOOL_MODE_PAINT_RECT_ERASE (int) TOOL_MODE_PAINT_RECT_PAINT (int) TOOL_MODE_TRACE_LINE (int) TOOL_MODE_TRACE_REGION (int) TOOL_MODE_WAND_COPY (int) TOOL_MODE_WAND_DILATE_ERODE (int) TOOL_MODE_WAND_PRESERVE (int) TOOL_MODE_WAND_REMOVE (int) allAnalyses (java.util.List) a list of all analyses (read-only) allAnalysisPoints (java.util.List) a list of all analysis points (read-only) allVolumeManagers (java.util.List) a list of all the currently loaded VolumeManagers (read-only) buildNumber (str) the Mango build number (read-only) currentAtlas (m_Atlas) the current Atlas (read-only) currentVolumeManager (m_VolMan) the currently selected VolumeManager currentVolumeManagerIndex (int) the index of the currently selected VolumeManager libDir (java.io.File) the lib directory (read-only) multisliceMode (bool) true if multislice mode is set radiologicalMode (bool) true for radiological display, false for neurological display tool (int) the current ROI tool version (str) the Mango version (read-only) worldMode (bool) true if world mode is set, false otherwise   class m_ProjMan     Manages projection data.     Methods defined here: captureSnapshot(saveLocation) Save a snapshot of the projection viewer to the specified location.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the snapshot file captureVideoStart(saveLocation, videoFormat, videoQuality, fps, animate) Starts saving a captured video to the specified file location.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the video file     videoFormat (int) : the video format code (see constants)     videoQuality (int) : the video quality code (see constants)     fps (int) : the frames per second     animate (bool) : true to automatically animate the projection, false otherwise captureVideoStop() Stops the video capture. pauseScriptForUserInput() Pauses execution of a running script. selectMenuOption(name) Selects menu options.   Args:     name (str) : the menu item name setMenuOption(name, value) Sets menu items (typically checkboxes).   Args:     name (str) : the menu item name     value (bool) : the menu item value setOptions(colorTable, thresholdMin, thresholdMax) Sets projection options.   Args:     colorTable (str) : the projection color table name     thresholdMin (float) : the projection color table minimum     thresholdMax (float) : the projection color table maximum Data descriptors defined here: QUALITY_BEST (int) QUALITY_DEFAULT (int) QUALITY_FAST (int) QUALITY_FASTEST (int) QUALITY_GOOD (int) RANK_TYPE_MAX (int) RANK_TYPE_MEDIAN (int) RANK_TYPE_MIN (int) ROTATION_AXIS_X (int) ROTATION_AXIS_Y (int) ROTATION_AXIS_Z (int) VIDEO_FORMAT_AVI_DIB (int) VIDEO_FORMAT_AVI_MJPG (int) VIDEO_FORMAT_AVI_PNG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_ANIMATION (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_JPEG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_PNG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_RAW (int) VIDEO_QUALITY_BEST (int) VIDEO_QUALITY_FASTEST (int) VIDEO_QUALITY_GOOD (int) frame (javax.swing.JFrame) the parent window of the projection (read-only)   class m_ROI     A ROI.     Methods defined here: getLabel(canUseDefault) Returns the label of this ROI.   Args:     canUseDefault (bool) : true to return a default label if none is stored, false otherwise Returns:     (str) the label getROIBounds(useSeries) Returns the bounds of this ROI.   Args:     useSeries (bool) : true to include the whole series, false otherwise Returns:     (m_Bounds) the bounds setHighlighted(highlight) Sets the highlight state of this ROI.   Args:     highlight (bool) : true to turn on highlighting of this ROI, false otherwise Data descriptors defined here: color (int) the ROI color (read-only) stats (m_Stat) the stats (read-only)   class m_ROIData     ROIData can be used to access and edit ROI mask, line, and point data.     Methods defined here: addMaskValue(xLoc, yLoc, zLoc, mask) Adds an ROI value at a specified location. The call addROIValue(0, 0, 0, MASK_RED) is equivalent to replaceROIValue(0, 0, 0, getROIValue(0, 0, 0) | MASK_RED).          Args:            xLoc (int) : the X index            yLoc (int) : the Y index            zLoc (int) : the Z index            mask (long) : the value to add addPoint(point, color) Adds a point.   Args:     point (Coordinate) : the point to add     color (int) : the color index (e.g., RED_INDEX, GREEN_INDEX, etc) addShape(sliceDirection, slice, color, shape) Add a shape of a specified color within a slice.   Args:     sliceDirection (int) : SLICE_DIRECTION_AXIAL, SLICE_DIRECTION_CORONAL, or SLICE_DIRECTION_SAGITTAL     slice (int) : the slice index     color (int) : the color index (e.g., RED_INDEX, GREEN_INDEX, etc)     shape (Shape) : the shape to add Returns:     (java.awt.Shape) the added shape addSpecialPoint(point, color, editable) Adds a point with special properties that can only be removed programmatically.   Args:     point (Coordinate) : the point to add     color (Color) : the color value     editable (bool) : true to make this point editable by the user addSpecialShape(sliceDirection, slice, color, shape, stroke, editable, fixed) Add a shape with special properties that can only be remove programmatically.   Args:     sliceDirection (int) : SLICE_DIRECTION_AXIAL, SLICE_DIRECTION_CORONAL, or SLICE_DIRECTION_SAGITTAL     slice (int) : the slice index (only relevant when fixed is false)     color (Color) : the color value     shape (Shape) : the shape to add     stroke (Stroke) : the shape stroke     editable (bool) : true to make this shape editable by the user     fixed (bool) : true to make this shape fixed across all slices (i.e., not associated with a particular slice) Returns:     (java.awt.Shape) the added shape createMask(colorIndex) Creates a bit mask for a ROI color.   Args:     colorIndex (int) : the ROI color index Returns:     (long) a bit mask getMaskValue(xLoc, yLoc, zLoc, tLoc) Gets the ROI value at a specified location.   Args:     xLoc (int) : the X index     yLoc (int) : the Y index     zLoc (int) : the Z index     tLoc (int) : the series index Returns:     (long) the ROI value getPoints(color) Gets all points of a specified color.   Args:     color (int) : the color index (e.g., RED_INDEX, GREEN_INDEX, etc) Returns:     (m_Coord) an array of all points of the specified color getROIColor(colorIndex) Returns the color of this ROI.   Args:     colorIndex (int) : the color index Returns:     (java.awt.Color) the Color getROILabel(colorIndex) Returns the label of this ROI.   Args:     colorIndex (int) : the color index Returns:     (str) the label getShapes(sliceDirection, slice, color) Gets all shapes of a specified color within a slice. For example, getShapes(0, 0, 0) will return all shapes in the first axial slice matching color value 0.          Args:            sliceDirection (int) : SLICE_DIRECTION_AXIAL, SLICE_DIRECTION_CORONAL, or SLICE_DIRECTION_SAGITTAL            slice (int) : the slice index            color (int) : the color index (e.g., RED_INDEX, GREEN_INDEX, etc)        Returns:            (java.awt.Shape) an array of Shapes or null if none are found getSpecialPoints(color) Gets all special points of a specified color.   Args:     color (Color) : the color value Returns:     (m_Coord) an array of all points of the specified color getSpecialShapes(sliceDirection, slice, color) Gets all special shapes of a specified color within a slice. For example, getShapes(0, 0, 0) will return all shapes in the first axial slice matching the Color.          Args:            sliceDirection (int) : SLICE_DIRECTION_AXIAL, SLICE_DIRECTION_CORONAL, or SLICE_DIRECTION_SAGITTAL            slice (int) : the slice index            color (Color) : the color value        Returns:            (java.awt.Shape) an array of Shapes or null if none are found hasSelectedMaskInRange(xMin, xMax, yMin, yMax, zMin, zMax) Test if there is a selected ROI mask in the specified bounds.   Args:     xMin (int) : the X minimum     xMax (int) : the X maximum     yMin (int) : the Y minimum     yMax (int) : the Y maximum     zMin (int) : the Z minimum     zMax (int) : the Z maximum Returns:     (bool) true if a selected ROI mask is found in the specified bounds, false otherwise initMask(mask) Initializes one or more ROI colors. For example, initROIMask(ROIData.MASK_RED) or initROIMask(createMask(11)). This should be called before any calls to replaceROIMaskValue() or addROIMaskValue().          Args:            mask (long) : the bit mask of all the ROI colors to initialize isInsideSelectedMaskAtOffset(offset) Test if there is a selected ROI mask at the specified offset.   Args:     offset (int) : the offset Returns:     (bool) true if a selected ROI mask is found at the specified offset, false otherwise removePoint(point, color) Removes a point.   Args:     point (Coordinate) : the point to remove     color (int) : the color index (e.g., RED_INDEX, GREEN_INDEX, etc) removeShape(sliceDirection, shape) Remove a shape.   Args:     sliceDirection (int) : SLICE_DIRECTION_AXIAL, SLICE_DIRECTION_CORONAL, or SLICE_DIRECTION_SAGITTAL     shape (Shape) : the shape to remove removeSpecialPoint(point, color) Removes a special point.   Args:     point (Coordinate) : the point to remove     color (Color) : the color value removeSpecialShape(sliceDirection, shape) Remove a special shape.   Args:     sliceDirection (int) : SLICE_DIRECTION_AXIAL, SLICE_DIRECTION_CORONAL, or SLICE_DIRECTION_SAGITTAL     shape (Shape) : the shape to remove replaceMaskValue(xLoc, yLoc, zLoc, mask) Replace a ROI value at a specified location.   Args:     xLoc (int) : the X index     yLoc (int) : the Y index     zLoc (int) : the Z index     mask (long) : the value to write roiMaskOperationCompleted(des) Call this following an ROI operation (e.g., after iterating through the entire volume making changes).   Args:     des (str) : message to log setPointHighlightState(point, color, highlight) Sets the highlight state of a special point.   Args:     point (Coordinate) : the point to change     color (Color) : the color value     highlight (bool) : true, to set as highlighted setShapeHighlightState(sliceDirection, shape, highlight) Sets the highlight state of a special shape.   Args:     sliceDirection (int) : SLICE_DIRECTION_AXIAL, SLICE_DIRECTION_CORONAL, or SLICE_DIRECTION_SAGITTAL     shape (Shape) : the shape to change     highlight (bool) : true, to set as highlighted setUseROISeries(useROISeries) True to use a ROI series, false otherwise.   Args:     useROISeries (bool) : true to use a ROI series Data descriptors defined here: INDEX_BLUE (int) INDEX_GREEN (int) INDEX_RED (int) MASK_BLUE (long) MASK_GREEN (long) MASK_RED (long) ROIDataBuffer (m_ROIMask) the ROIBuffer (read-only) SLICE_DIRECTION_AXIAL (int) SLICE_DIRECTION_CORONAL (int) SLICE_DIRECTION_SAGITTAL (int) allROIs (java.util.List) a list of all ROIs (read-only) availableMask (long) the available mask (read-only) labelManager (edu.uthscsa.ric.volume.LabelManager) the ROI mask LabelManager (read-only) selectedLines (java.util.List) a list of selected ROI lines (read-only) selectedMask (long) a bit mask (read-only) selectedMasks (java.util.List) a list of selected ROI masks (read-only) selectedPoints (java.util.List) a list of selected ROI points (read-only) selectedROIs (java.util.List) a list of selected ROIs (read-only) usedLines (java.util.List) a list of used ROI lines (read-only) usedMask (long) a bit mask (read-only) usedMasks (java.util.List) a list of used ROIs (read-only) usedPoints (java.util.List) a list of used ROI points (read-only)   class m_ROILine     A ROI line can consist of two or more points.     Methods defined here: makeInterpolatedPoints() Creates a list of points of all intersected voxels.   Returns:     (java.util.Vector) a list of points makeInterpolatedPointsMM(step) Creates a list of points at a specified interval.   Args:     step (float) : the interval Returns:     (java.util.Vector) a list of points Data descriptors defined here: points (java.util.Vector) the points (read-only) sliceDirection (int) the slice direction (read-only) sliceNum (int) the slice number (read-only)   class m_ROIMask     A ROI data buffer.     Methods defined here: get(offset, index) Returns the ROI mask value at the specified offset and series index.   Args:     offset (int) : volume offset     index (int) : series index Returns:     (long) the mask value getCurrent(offset) Returns the ROI mask value at the specified offset for the current series index.   Args:     offset (int) : volume offset Returns:     (long) the mask value getROIBounds(mask, index) Returns the ImageBounds of the specified mask and series index.   Args:     mask (long) : a bit mask     index (int) : series index Returns:     (m_Bounds) the ImageBounds the mask getROIBoundsCurrent(mask) Returns the ImageBounds of the specified mask for the current series index.   Args:     mask (long) : a bit mask Returns:     (m_Bounds) the ImageBounds of the mask isEmptyOf(roiNum) Returns true if the ROI color index is not found.   Args:     roiNum (int) : color index Returns:     (bool) true if the ROI color index is not found put(offset, index, val) Sets a mask value at a specified offset and series index.   Args:     offset (int) : volume offset     index (int) : series index     val (long) : the mask value putCurrent(offset, val) Sets a mask value at a specified offset for the current series index.   Args:     offset (int) : volume offset     val (long) : the mask value Data descriptors defined here: maximumColors (int) the maximum number of ROI colors that this buffer supports (read-only) seriesIndex (int) the current ROI series index (read-only) seriesLength (int) the length of the ROI series (read-only)   class m_ROIPoint     A ROI point.     Data descriptors defined here: x (int) the X location (read-only) y (int) the Y location (read-only) z (int) the Z location (read-only)   class m_Range     ImageRange stores information related to the value range of the image and value scaling.     Methods defined here: hasDefaultDataScaleIntercept() Checks if all data scale intercepts are default.   Returns:     (bool) true if all data scale intercepts are default, false otherwise hasDefaultDataScaleSlope() Checks if all data scale slopes are default.   Returns:     (bool) true if all data scale slopes are default, false otherwise hasGlobalDataScaleIntercept() Checks if all data scale intercepts are the same.   Returns:     (bool) true if all data scale intercepts are the same, false otherwise hasGlobalDataScaleSlope() Checks if all data scale slopes are the same.   Returns:     (bool) true if all data scale slopes are the same, false otherwise setGlobalDataScaleIntercept(num, val) Sets global data scale intercept.   Args:     num (int) : the number of slices     val (float) : the data scale intercept setGlobalDataScaleSlope(num, val) Sets global data scale slope.   Args:     num (int) : the number of slices     val (float) : the data scale slope Data descriptors defined here: DEFAULT_DATA_SCALE_INTERCEPT (float) DEFAULT_DATA_SCALE_SLOPE (float) dataScaleIntercepts (float) the data scale intercepts dataScaleSlopes (float) the data scale slopes displayMax (float) the display max displayMin (float) the display min imageMax (float) the image max imageMaxOffset (long) the offset of the maximum voxel imageMin (float) the image min imageMinOffset (long) the offset of the minimum voxel   class m_Stat     A result of a statistical operation.     Data descriptors defined here: DESCRIPTION_CLUSTER (str) DESCRIPTION_LINE (str) DESCRIPTION_LOGICAL (str) DESCRIPTION_POINT (str) DESCRIPTION_SLICE (str) DESCRIPTION_TIMESERIES (str) DESCRIPTION_VOLUME (str) ROI (int) the ROI color index (read-only) TYPE_CLUSTER (int) TYPE_LINE (int) TYPE_LOGICAL (int) TYPE_POINT (int) TYPE_SLICE (int) TYPE_SURFACE (int) TYPE_TIMESERIES (int) TYPE_VOLUME (int) centroidCoordinate (m_Coord4D) the coordinate of the centroid value (read-only) centroidValue (float) the value at the centroid coordinate (read-only) count (int) the voxel count (read-only) description (str) a string description of this analysis (read-only) maxCoordinate (m_Coord4D) the coordinate of the max value (read-only) maxValue (float) the value at the max coordinate (read-only) mean (float) the mean (read-only) minCoordinate (m_Coord4D) the coordinate of the min value (read-only) minValue (float) the value at the min coordinate (read-only) name (str) the name of this analysis (read-only) regionSize (float) the size of the region of this analysis (read-only) sliceDirection (int) the slice direction (read-only) sliceNum (int) the slice number (read-only) standardDev (float) the standard deviation (read-only) sum (float) the sum (read-only) type (int) the analysis type (read-only) unitSize (float) the unit size (read-only)   class m_StatPoint     A point of interest.     Data descriptors defined here: ROI (int) the ROI color index (read-only) coordinate (m_Coord4D) coordinate (read-only) description (str) a string description of this analysis (read-only) labels (str) the atlas labels (read-only) name (str) the name of this analysis (read-only) type (str) the analysis type (read-only) value (float) the value (read-only)   class m_Surf     A surface.     Data descriptors defined here: DEFAULT_COLOR ([F) baseSurface (bool) true if base surface, false otherwise (read-only) color (float) an array of RGB components (read-only) colorsIterator (edu.uthscsa.ric.visualization.surface.io.FloatIterator) iterator (read-only) description (str) a description of this Surface hidden (bool) true if the surface is hidden, false otherwise indiciesIterator (edu.uthscsa.ric.visualization.surface.io.IndexIterator) iterator (read-only) name (str) the name of this Surface (read-only) normalsIterator (edu.uthscsa.ric.visualization.surface.io.FloatIterator) iterator (read-only) numPoints (int) the number of points (read-only) numTriangles (int) the number of triangles (read-only) overlays (edu.uthscsa.ric.visualization.surface.primitives.Overlay) an array of Overlay objects (read-only) pointsIterator (edu.uthscsa.ric.visualization.surface.io.FloatIterator) iterator (read-only) threshold (float) the threhsold used to build this Surface useTransform (bool) true if the viewer transform is applied to the surface   class m_SurfMan     Manages surface data.     Methods defined here: addShapeFromLogical(overlays, name, rgb, roiThreshold, shrinkWrap, maximum, imageSmoothing, width, kernelSize, resX, resY, resZ, surfaceSmoothing, pointError, featureAngle, iterations) Adds a surface shape from a logical.   Args:     overlays (java.util.List) : the logical     name (str) : the name of the surface     rgb (int) : the color of the surface as an RGB color int     roiThreshold (float) : the build threshold (0 to 1)     shrinkWrap (bool) : true to use shrinkwrap, false otherwise     maximum (bool) : true if the threshold represents a maximum, false otherwise     imageSmoothing (bool) : true to use image smoothing, false otherwise     width (float) : FWHM of the image smoothing filter     kernelSize (int) : kernel size of the image smoothing filter     resX (float) : the output X resolution     resY (float) : the output Y resolution     resZ (float) : the output Z resolution     surfaceSmoothing (bool) : true to use surface smoothing, false otherwise     pointError (float) : the point error threshold     featureAngle (float) : the feature angle threshold     iterations (int) : number of iterations of surface smoothing Returns:     (m_Surf) the new Surface addShapeFromOverlay(overlay, name, rgb, threshold, shrinkWrap, maximum, imageSmoothing, width, kernelSize, resX, resY, resZ, surfaceSmoothing, pointError, featureAngle, iterations) Adds a surface shape from an overlay.   Args:     overlay (ImageVolume) : the overlay     name (str) : the name of the surface     rgb (int) : the color of the surface as an RGB color int     threshold (float) : the build threshold     shrinkWrap (bool) : true to use shrinkwrap, false otherwise     maximum (bool) : true if the threshold represents a maximum, false otherwise     imageSmoothing (bool) : true to use image smoothing, false otherwise     width (float) : FWHM of the image smoothing filter     kernelSize (int) : kernel size of the image smoothing filter     resX (float) : the output X resolution     resY (float) : the output Y resolution     resZ (float) : the output Z resolution     surfaceSmoothing (bool) : true to use surface smoothing, false otherwise     pointError (float) : the point error threshold     featureAngle (float) : the feature angle threshold     iterations (int) : number of iterations of surface smoothing Returns:     (m_Surf) the new Surface addShapeFromROI(roiColorIndex, name, rgb, roiThreshold, shrinkWrap, maximum, imageSmoothing, width, kernelSize, resX, resY, resZ, surfaceSmoothing, pointError, featureAngle, iterations) Adds a surface shape from a ROI.   Args:     roiColorIndex (int) : the ROI color index     name (str) : the name of the surface     rgb (int) : the color of the surface as an RGB color int     roiThreshold (float) : the build threshold (0 to 1)     shrinkWrap (bool) : true to use shrinkwrap, false otherwise     maximum (bool) : true if the threshold represents a maximum, false otherwise     imageSmoothing (bool) : true to use image smoothing, false otherwise     width (float) : FWHM of the image smoothing filter     kernelSize (int) : kernel size of the image smoothing filter     resX (float) : the output X resolution     resY (float) : the output Y resolution     resZ (float) : the output Z resolution     surfaceSmoothing (bool) : true to use surface smoothing, false otherwise     pointError (float) : the point error threshold     featureAngle (float) : the feature angle threshold     iterations (int) : number of iterations of surface smoothing Returns:     (m_Surf) the new Surface addShapesFromFile(openLocation) Adds a surface shape from file.   Args:     openLocation (str) : the file to load Returns:     (java.util.List) a list of Surfaces found in the file captureSnapshot(saveLocation) Save a snapshot of the surface viewer to the specified location.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the snapshot file captureVideoStart(saveLocation, videoFormat, videoQuality, fps, animate) Starts saving a captured video to the specified file location.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the video file     videoFormat (int) : the video format code (see constants)     videoQuality (int) : the video quality code (see constants)     fps (int) : the frames per second     animate (bool) : true to automatically animate the projection, false otherwise captureVideoStop() Stops the video capture. exportTo(saveLocation, surfaceFormat, surfaces, options) Exports the surface data to the specified file location.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the surface file     surfaceFormat (str) : the name of the surface plugin format     surfaces (Surface) : specify a single surface to save or "null" to save all surfaces     options (str) : options specific to this surface format goToShape(shape) Move the current coordinate to the specified line or point shape.   Args:     shape (Shape) : the line or point shape hideAll(hidden) Hide/show all the added surface shapes, lines, and points.   Args:     hidden (bool) : true to hide, false to show lineToShape(fromShape, toShape) Adds a direct line between two shapes.   Args:     fromShape (Shape) : the first shape     toShape (Shape) : the second shape measureAll() Measure all added surface shapes, lines, and points.   Returns:     (java.util.List) a list of Analyses pauseScriptForUserInput() Pauses execution of a running script. removeAll() Remove all the added surface shapes, lines, and points. removeShape(shape) Remove a line or point shape.   Args:     shape (Shape) : the line or point to remove removeSurface(surface) Remove an added surface shape.   Args:     surface (Surface) : the surface to remove runPlugin(pluginName, args) Runs a surface plugin.   Args:     pluginName (str) : the plugin name     args (java.lang.String[]) : plugin arguments Returns:     (java.lang.Object) an optional return object runSurfaceAreaStats(surface) Runs surface area stats on the specified surface.   Args:     surface (Surface) : the specified surface Returns:     (java.util.List) a list of two Analyses, the visible part of the surface and the cut-away part (if applicable) runSurfaceVolumeStats(surface) Runs surface volume stats on the specified surface.   Args:     surface (Surface) : the specified surface Returns:     (java.util.List) a list of two Analysis, the visible part of the surface ant the cut-away part (if applicable) saveAs(saveLocation, surfaces, includeLinesAndPoints) Saves the surface data in the Mango surface format.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the surface file     surfaces (Surface) : specify a single surface to save or "null" to save all surfaces     includeLinesAndPoints (bool) : true to save lines and points, false otherwise selectMenuOption(name) Selects menu options.   Args:     name (str) : the menu item name setBackground(rgb) Sets the surface background   Args:     rgb (int) : an RGB color int setLighting(ambient, diffuse, specular, horizontal, vertical) Sets the lighting parameters.   Args:     ambient (float) : the ambient light parameter (0 to 1)     diffuse (float) : the diffuse light parameter (0 to 1)     specular (float) : the specular light parameter (0 to 1)     horizontal (float) : the horizontal light position (-1 to 1)     vertical (float) : the vertical light position (-1 to 1) setMaterial(surface, rgb, showOverlayColors, showOnlyThisOverlayColor, flatShading, renderType, transparency, emmisivity, shininess, searchDistance) Sets the material parameters.   Args:     surface (Surface) : the surface     rgb (int) : the surface color as an RGB color int     showOverlayColors (bool) : true to show overlay colors on the surface, false otherwise     showOnlyThisOverlayColor (bool) : true to show only the overlay associated with this surface, false otherwise     flatShading (bool) : true to use flat shading, false otherwise     renderType (int) : the render type (see constants)     transparency (float) : the transparency parameter (0 to 1)     emmisivity (float) : the emmisivity parameter (0 to 1)     shininess (float) : the shininess parameter (0 to 1)     searchDistance (float) : the distance (mm) to search above and below the surface when building overlay colors setMenuOption(name, value) Sets menu items (typically checkboxes).   Args:     name (str) : the menu item name     value (bool) : the menu item value surfaceToShape(fromPoint, toPoint) Adds a line along the surface bewteen two shapes.   Args:     fromPoint (Shape) : the first point     toPoint (Shape) : the second point updateSurface() Redraws the surface view. Data descriptors defined here: RENDER_TYPE_POINTS (int) RENDER_TYPE_TRIANGLES (int) RENDER_TYPE_WIREFRAME (int) VIDEO_FORMAT_AVI_DIB (int) VIDEO_FORMAT_AVI_MJPG (int) VIDEO_FORMAT_AVI_PNG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_ANIMATION (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_JPEG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_PNG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_RAW (int) VIDEO_QUALITY_BEST (int) VIDEO_QUALITY_FASTEST (int) VIDEO_QUALITY_GOOD (int) addedShapes (java.util.List) a list of surfaces added to the base surface (read-only) allPointsAndLines (java.util.List) a list of all points and lines (read-only) baseSurface (m_Surf) the base surface (read-only) frame (javax.swing.JFrame) the parent window of the surface view (read-only) lines (java.util.List) a list of lines (read-only) points (java.util.List) a list of points (read-only) surfaces (m_Surf) an array of loaded surfaces (read-only) threshold (float) the threshold used to build the base surface (read-only) viewTransform (float) the view transform (read-only)   class m_SurfShape     A Shape represents a surface line or point.     Data descriptors defined here: color (float) a three float array of RGB values (read-only) distance (float) the length of the shape (read-only) points (javax.vecmath.Point3d) point array (read-only) visible (bool) true if the shape is visible, false otherwise   class m_Transform     ImageTransform provides access to volume transform.     Methods defined here: loadTransform(matNew, preferredOrigin, coor) Load a different transform.   Args:     matNew (double[][]) : the 4x4 transform matrix     preferredOrigin (int) : PREFERRED_ROTATION_CENTER, PREFERRED_ROTATION_ORIGIN, PREFERRED_ROTATION_CURRENT     coor (Coordinate) : the rotation origin if PREFERRED_ROTATION_CURRENT transform(coor) Transforms the coordinate.   Args:     coor (Coordinate) : the coordinate to transform Returns:     (m_Coord) the parameter coordinate transformNative(coor) Transforms the coordinate.   Args:     coor (Coordinate) : the coordinate to transform Returns:     (m_Coord) the parameter coordinate updateTransform(matNew) Update the transform.   Args:     matNew (double[][]) : the 4x4 transform matrix Data descriptors defined here: PREFERRED_ROTATION_CENTER (int) PREFERRED_ROTATION_CURRENT (int) PREFERRED_ROTATION_ORIGIN (int) matrixCopy (float) transformation matrix as a 4x4 two-dimensional array (read-only)   class m_Vol     ImageVolume is an interface that allows access to the image volume, with methods to get and put voxel values. It also provides access to the original header of the volume as ReadableHeader as well as some convenience methods to retrieve image and voxel dimensions.     Methods defined here: convertIndexToOffset(xLoc, yLoc, zLoc) Converts an XYZ index into an array offset based on image orientation.   Args:     xLoc (int) : X index     yLoc (int) : Y index     zLoc (int) : Z index Returns:     (long) image offset getLabel(seriesIndex) Returns the series label for the specified index.   Args:     seriesIndex (int) : the series index Returns:     (str) the series label getNativeIntegerValueAtIndex(xLoc, yLoc, zLoc, seriesIndex) Returns the native integer value at a specified image index. An index of (0, 0, 0) corresponds to the LAS corner.   Args:     xLoc (int) : X index     yLoc (int) : Y index     zLoc (int) : Z index     seriesIndex (int) : series index Returns:     (long) integer value at specified image index getRawVoxelValueAtIndex(xLoc, yLoc, zLoc, tLoc, transform) Returns the raw (without data scaling) voxel value at a specified image index and timepoint in transformed volume. An index of (0, 0, 0) corresponds to the LAS corner.          Args:            xLoc (int) : X index            yLoc (int) : Y index            zLoc (int) : Z index            tLoc (int) : timepoint            transform (ImageTransform) : image transform to use.        Returns:            (float) value at a specified image index and timepoint in transformed volume getRawVoxelValueForOffset(offset) Returns the raw (without data scaling) voxel value at a specified offset. The offset refers to the offset into the data array as it is arranged on disk.   Args:     offset (long) : image array offset Returns:     (float) value at specified offset getVoxelValueAtCoordinate(xLoc, yLoc, zLoc, tLoc, transform) Returns the voxel value at a specified coordinate and timepoint in a transformed world space.   Args:     xLoc (float) : X index     yLoc (float) : Y index     zLoc (float) : Z index     tLoc (int) : timepoint     transform (ImageTransform) : world space transform to use. Returns:     (float) value at a specified coordinate and timepoint in a transformed world space getVoxelValueAtIndex(xLoc, yLoc, zLoc, tLoc, transform) Returns the voxel value at a specified image index and timepoint in transformed volume. An index of (0, 0, 0) corresponds to the LAS corner.   Args:     xLoc (int) : X index     yLoc (int) : Y index     zLoc (int) : Z index     tLoc (int) : timepoint     transform (ImageTransform) : transform to apply to the image Returns:     (float) value at a specified image index and timepoint in transformed volume getVoxelValueForOffset(offset) Returns the voxel value at a specified offset. The offset refers to the offset into the data array as it is arranged on disk.   Args:     offset (long) : image array offset Returns:     (float) value at specified offset putVoxelValueAtIndex(xLoc, yLoc, zLoc, tLoc, value) Replaces a voxel value at a specified image index and timepoint. An index of (0, 0, 0) corresponds to the LAS corner.   Args:     xLoc (int) : X index     yLoc (int) : Y index     zLoc (int) : Z index     tLoc (int) : timepoint     value (float) : replacement value putVoxelValueAtOffset(offset, value) Replaces a voxel value at a specified offset.   Args:     offset (int) : image array offset     value (float) : replacement value readFiles(file, readOnly) Reads a file into an ImageVolume.   Args:     file (URI) : a file to read     readOnly (bool) : true to load in read-only mode (will use less memory if datatype is byte or short) Returns:     (java.net.URI) the header file that was found (could be same as parameter) setForceLoadInThead(forceLoadInThread) Set to true to force loading this image in the current thread, instead of a background thread.   Args:     forceLoadInThread (bool) : true to force loading this image in the current thread, false otherwise setImageAsDirty() Flag the image as dirty (needs to be saved). setReadOnly(readOnly) Set this image as read-only. This flag is only applicable to integer images. When true, the backing data store will use the native bit depth of the image, which may be less than the default 4-byte floating point backing data store. To access read-only data use getNativeIntegerValueAtIndex().          Args:            readOnly (bool) : true to set image as read-only, false otherwise volumeOperationCompleted(des) Notifies volume that an image operation has been performed.   Args:     des (str) : a short description of the operation writeFilesAs(headerFile, formatName, it, orientation, applyDataScales, fitPrecision) Write file.   Args:     headerFile (File) : file to save     formatName (str) : string representation of header format (e.g., HEADER_FORMAT_NIFTI)     it (ImageType) : the ImageType of the output image     orientation (str) : the orientation string (e.g., "XYZ+++") or null to use current     applyDataScales (bool) : true to multiply data scales into the image, false to leave data scale information in header     fitPrecision (bool) : true to fit the image data range to the data type range, false otherwise Data descriptors defined here: HEADER_FORMAT_ANALYZE (str) HEADER_FORMAT_DES (str) HEADER_FORMAT_DICOM_MR (str) HEADER_FORMAT_DICOM_PET (str) HEADER_FORMAT_DICOM_SC (str) HEADER_FORMAT_NIFTI (str) XDim (int) x image dimension (read-only) XSize (float) x voxel size (read-only) YDim (int) y image dimension (read-only) YSize (float) y voxel size (read-only) ZDim (int) z image dimension (read-only) ZSize (float) z voxel size (read-only) center (m_Coord) the center coordinate (read-only) currentSeriesPoint (int) the current series point imageDescription (m_Des) the ImageDescription (read-only) imageDimensions (m_ImageDims) the ImageDimensions (read-only) imageRange (m_Range) the ImageRange (read-only) imageTransform (m_Transform) the ImageTransform (read-only) imageType (m_ImageType) the ImageType (read-only) orientationString (str) a string representation of this volume's data orientation (read-only) origin (m_Coord) the origin as a Coordinate originNativeOffsets (m_Coord) the offests as a Coordinate (read-only) readableHeader (edu.uthscsa.ric.volume.ReadableHeader) the ReadableHeader of this ImageVolume (read-only) seriesLength (int) the series length (read-only) volumeIntercept (float) the intercept value of the image (read-only) volumeInterceptScreen (float) the intercept value of the image (read-only) voxelDimensions (m_VoxelDims) the VoxelDimensions (read-only) workBuffers (java.nio.ByteBuffer) image work buffer (read-only)   class m_VolMan     This class manages ImageVolume data.     Methods defined here: addBookmark(coord, label) Adds a bookmark.   Args:     coord (Coordinate) : the bookmark coordinate     label (str) : the bookmark label addMoreROIColors() Adds more ROI colors (color count starts at 8, then 16, 32, 64). addOverlay(openLocation, parametric) Adds an overlay.   Args:     openLocation (str) : the file location     parametric (bool) : true to open both positives and negatives, false to only open positives addOverlayOnto(manager, colorTable) Overlays the base volume onto another VolumeManager.   Args:     manager (VolumeManager) : the other VolumeManager     colorTable (str) : the overlay color table addOverlayURL(url) Adds an overlay from a URL.   Args:     url (str) : the URL addSliceListener(listener, sliceDirection) Adds a slice listener, which will be notified anytime a slice's position has changed.   Args:     listener (SliceListener) : the SliceListener to add     sliceDirection (int) : the slice direction associatePluginWindow(title, window) Associates a plugin window with this VolumeManager.   Args:     title (str) : the title of this plugin     window (JFrame) : the window buildProjection(rankType, sliceDirection, resX, resY, resZ, rotationAxis, projectionQuality) Creates a ProjectionManager.   Args:     rankType (int) : the rank type (see ProjectionManager constants)     sliceDirection (int) : the slice direction     resX (float) : the X resolution     resY (float) : the Y resolution     resZ (float) : the Z resolution     rotationAxis (int) : the rotation axis (the ProjectionManager constants)     projectionQuality (int) : the projection quality (see ProjectionManager constants) Returns:     (m_ProjMan) the ProjectionManager buildSurface(threshold, percentMax, shrinkWrap, maximum, imageSmoothing, width, kernelSize, resX, resY, resZ, surfaceSmoothing, pointError, featureAngle, iterations) Creates a SurfaceManager.   Args:     threshold (float) : the build threshold     percentMax (bool) : true if the threshold values represent percent of image maximum, false if they refer to actual range values     shrinkWrap (bool) : true to use shrinkwrap, false otherwise     maximum (bool) : true if the threshold represents a maximum, false otherwise     imageSmoothing (bool) : true to use image smoothing, false otherwise     width (float) : FWHM of the image smoothing filter     kernelSize (int) : kernel size of the image smoothing filter     resX (float) : the output X resolution     resY (float) : the output Y resolution     resZ (float) : the output Z resolution     surfaceSmoothing (bool) : true to use surface smoothing, false otherwise     pointError (float) : the point error threshold     featureAngle (float) : the feature angle threshold     iterations (int) : number of iterations of surface smoothing Returns:     (m_SurfMan) the SurfaceManager captureLayout(saveLocation, rows, columns, startSlice, skipSlices, series, useLabels, useColorBars, useText, title, footnote) Captures a multi-slice layout.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the layout image file     rows (int) : the number of layout rows     columns (int) : the number of layout cols     startSlice (int) : the starting slice     skipSlices (int) : the number of slices to skip between each slice captured     series (bool) : true to capture along a series, false to capture along the current slice direction     useLabels (bool) : true to embed slice labels, false otherwise     useColorBars (bool) : true to embed color bars, false otherwise     useText (bool) : true to embed text, false otherwise     title (str) : the layout title     footnote (str) : the layout footnote captureSnapshot(saveLocation) Captures a single-slice.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the image file captureVideoStart(saveLocation, videoFormat, videoQuality, fps, animate) Starts video capture.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the video file     videoFormat (int) : the video format code (see constants)     videoQuality (int) : the video quality code (see constants)     fps (int) : the frames per second     animate (bool) : true to automatically animate the projection, false otherwise captureVideoStop() Stops the video capture. continueScript() Continue a paused script. convertIndexToWorldCoordinate(coor) Converts index coordinate to world coordinate.   Args:     coor (Coordinate) : the index coordinate convertWorldToIndexCoordinate(coor) Converts world coordinate to index coordinate.   Args:     coor (Coordinate) : the world coordinate createWebpage(saveLocation, title, useOverlays, useAtlas, useSurfaces, useKioskMode, outputSingleFile) Creates a webpage.   Args:     saveLocation (str) : the location to save the webpage files     title (str) : the title of the webpage     useOverlays (bool) : true to include overlay data in the webpage, false to only include the base volume     useAtlas (bool) : true to include atlas data in the webpage, false otherwise     useSurfaces (bool) : true to include surface data, false otherwise     useKioskMode (bool) : true to use "kiosk mode", false otherwise     outputSingleFile (bool) : true to output a single HTML file, false to output separate HTML, CSS, and JS files decrement(direction) Decrements the slice in the specified direction.   Args:     direction (int) : the slice direction (see constants) Returns:     (bool) true if the slice was able to be decremented in that direction, false otherwise deleteROI(roi) Deletes the specified ROI.   Args:     roi (ROI) : the ROI to delete disposeVolumeManager() Call to remove this VolumeManager from the application. findGoodPluginWindowLocation(dimension) Returns a point to display a plugin window next to, but not in front of, the viewer window.   Args:     dimension (Dimension) : the size of the plugin window Returns:     (java.awt.Point) the point to display the plugin window flipOrientation(volume, sliceDirection) Flips the orientation of the data in the specified dimension.   Args:     volume (ImageVolume) : the volume to flip     sliceDirection (int) : the slice direction to flip about (see constants) getName(volume) Returns a nice name for this volume;   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (str) the nice name getVolume(index) Gets the ImageVolume at the specified index.   Args:     index (int) : the index Returns:     (m_Vol) the ImageVolume getVolumeDisplayAlpha(volume) Returns the screen display alpha value of the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (float) the screen display alpha value getVolumeDisplayColorTable(volume) Returns the screen display color table for the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (str) the screen display color table getVolumeDisplayRangeMax(volume) Returns the screen display range maximum for the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (float) the screen display range maximum getVolumeDisplayRangeMin(volume) Returns the screen display range minimum for the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (float) the screen display range minimum getVolumeIndex(volume) Returns the index of the specified volume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (int) the index increment(direction) Increments the slice in the specified direction.   Args:     direction (int) : the slice direction (see constants) Returns:     (bool) true if the slice was able to be incremented in that direction, false otherwise isVolumeDisplayHidden(volume) Returns true if the screen display of the specified ImageVolume is hidden   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (bool) true if the screen display is hidden, false if it is shown isVolumeDisplayNegative(volume) Returns true if the screen display range is negative.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (bool) true of the screen display range is negative isVolumeOverlay(volume) Returns true if the specified ImageVolume is an overlay.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (bool) true if the specified ImageVolume is an overlay, false otherwise isVolumeUsingTransform(volume) Returns true if the specified ImageVolume is using a transform.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume Returns:     (bool) true if the specified ImageVolume is using a transform, false otherwise loadROI(openLocation) Loads an ROI.   Args:     openLocation (str) : the location of the file to load loadROIURL(url, forceImport, forceWorld) Loads an ROI from a URL.   Args:     url (str) : the URL     forceImport (bool) : true to force loading this in import mode, false otherwise     forceWorld (bool) : true to force loading this in world mode, false otherwise loadSurface(openLocation) Loads a surface.   Args:     openLocation (str) : the location of the file to load Returns:     (m_SurfMan) the SurfaceManager logPoint(coordinate, description) Logs a point in the All Results table.   Args:     coordinate (Coordinate) : the coordinate to log     description (str) : a label for the point makeFilename(ext) Builds a filename based on the base volume with the specified extension.   Args:     ext (str) : the extension Returns:     (str) a filename makeNewVolume() Creates a new ImageVolume.   Returns:     (m_Vol) a new ImageVolume makePluginOverlay(sliceDirection) Makes a static slice overlay for painting by a plugin.   Args:     sliceDirection (int) : slice direction of the main slice view Returns:     (java.awt.image.BufferedImage) the overlay data as an ARGB BufferedImage makeProgressMeter() Creates a new ProgressMeter.   Returns:     (edu.uthscsa.ric.mango.ProgressMeter) a new ProgressMeter pauseScriptForUserInput() Pauses script execution. recordPluginAction(pluginName, args) Records a scripted plugin action.   Args:     pluginName (str) : the plugin name     args (java.lang.String[]) : the arguments reload() Reload this VolumeManager. removeAllOverlays() Remove all overlays from this VolumeManager. removeOverlay(overlay) Remove overlay from this VolumeManager.   Args:     overlay (ImageVolume) : the volume to remove removePluginOverlay(pluginOverlay, sliceDirection) Remove a plugin overlay.   Args:     pluginOverlay (BufferedImage) : the BufferedImage to remove     sliceDirection (int) : the slice direction removeSliceListener(listener, sliceDirection) Removes a slice listener.   Args:     listener (SliceListener) : the SliceListener to remove     sliceDirection (int) : the slice direction runAddROI(coordinate, size, sphere) Adds ROI mask data in the currently selected ROI color at the specified location.   Args:     coordinate (Coordinate) : the center of the new ROI mask data     size (float) : the size in mm     sphere (bool) : true to add a sphere, false to add a cube runAddROISlice(sliceDirection, coordinate, size, circle) Adds ROI mask data in the currently selected ROI color at the specified location.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction on which to add the new ROI data     coordinate (Coordinate) : the center of the new ROI mask data     size (float) : the size in mm     circle (bool) : true to add a circle, false to add a square runAllSliceStats(sliceDirection) Runs slice statistics on all slices of the currently selected ImageVolume in the specified slice direction.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction Returns:     (java.util.List) a list of Analyses runAllSliceStatsROI(sliceDirection, roiMask, includePointsAndLines, onlySelectedPoints, onlySelectedLines) Runs slice statistics on all ROI slices of the currently selected ImageVolume in the specified slice direction.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     roiMask (long) : the mask of the ROIs to include     includePointsAndLines (bool) : true to also analyze points and lines     onlySelectedPoints (bool) : true to only analyze selected points     onlySelectedLines (bool) : true to only analyze selected lines Returns:     (java.util.List) a list of Analyses runAllVolumeStats() Runs volume statistics on all volumes in a series of the currently selected ImageVolume.   Returns:     (java.util.List) a list of Analyses runAllVolumeStatsROI(roiMask, includePointsAndLines, onlySelectedPoints, onlySelectedLines) Runs volume statistics on all ROI volumes in a series of the currently selected ImageVolume.   Args:     roiMask (long) : the mask of ROIs to include     includePointsAndLines (bool) : true to also analyze points and lines     onlySelectedPoints (bool) : true to only analyze selected points     onlySelectedLines (bool) : true to only analyze selected lines Returns:     (java.util.List) a list of Analyses runCloseROI(roiMask, kernelSize) Runs a close ROI operation.   Args:     roiMask (long) : the mask of ROIs to include     kernelSize (int) : the kernel size runCloseROISlice(sliceDirection, sliceNumber, roiMask, kernelSize) Runs a close ROI slice operation.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     roiMask (long) : the mask of the ROIs to include     kernelSize (int) : the kernel size runClusterAnalysis(overlay, threshold) Runs a cluster analysis.   Args:     overlay (ImageVolume) : the ImageVolume to analyze     threshold (float) : the threshold Returns:     (java.util.List) a list of Clusters runComponentAnalysisROI(roiColorIndex) Runs a ROI component anlaysis.   Args:     roiColorIndex (int) : the ROI color index Returns:     (java.util.List) a list of Clusters runComponentSplitROI(roiColorIndex, voxelCountThreshold) Splits ROI components into different colors [runComponentAnalysisROI() must precede this call].   Args:     roiColorIndex (int) : the ROI color index     voxelCountThreshold (int) : the minimum number of voxels a component must contain in order to include in the split runConvexHull(roi) Runs a convex hull on the specified ROI.   Args:     roi (ROI) : the ROI runConvexHullROI(roiMask, roiOutputColorIndex) Runs convex hull on the specified ROI mask.   Args:     roiMask (long) : the ROI mask to include     roiOutputColorIndex (int) : the output ROI color index runConvexHullROISlice(sliceDirection, sliceNumber, roiMask, roiOutputColorIndex) Runs convex hull on the specified ROI mask.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     roiMask (long) : the ROI mask to include     roiOutputColorIndex (int) : the output ROI color index runCrosssectionMM(line, step) Runs a cross-section on the specified Line.   Args:     line (Line) : the Line     step (float) : the interpolation interval Returns:     (float) an array of values at the interpolated points runCrosssectionVoxels(line) Runs a cross-section on the specified line.   Args:     line (Line) : the Line Returns:     (float) an array of value of all intersected voxels runDilateROI(roiMask, kernelSize) Runs a dilate ROI operation.   Args:     roiMask (long) : the ROI mask to include     kernelSize (int) : the kernel size runDilateROISlice(sliceDirection, sliceNumber, roiMask, kernelSize) Runs a dilate ROI slice operation.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     roiMask (long) : the ROI mask to include     kernelSize (int) : the kernel size runErodeROI(roiMask, kernelSize) Runs an erode ROI operation.   Args:     roiMask (long) : the ROI mask to include     kernelSize (int) : the kernel size runErodeROISlice(sliceDirection, sliceNumber, roiMask, kernelSize) Runs a erode ROI slice operation.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     roiMask (long) : the ROI mask to include     kernelSize (int) : the kernel size runFilter(name) Runs a filter.   Args:     name (str) : the name of the filter runGenerateClusterROI(overlay, voxelCountThreshold) Generate ROIs from clusters [runClusterAnalysis() must precede this call].   Args:     overlay (ImageVolume) : the overlay ImageVolume     voxelCountThreshold (int) : the minimum number of voxels a component must contain in order to include in the split runGenerateHistogramROI(hist) Adds new ROI mask data for voxels included in this histogram.   Args:     hist (Histogram) : the Histogram runGenerateHistogramROISlice(sliceDirection, sliceNumber, hist) Adds new ROI mask data for voxels included in this histogram.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     hist (Histogram) : the Histogram runGenerateHistogramWithinROI(hist, roiMask) Adds new ROI mask data for voxels included in this histogram, but only within the specified ROI mask.   Args:     hist (Histogram) : the Histogram     roiMask (long) : the ROI mask to include runGenerateHistogramWithinROISlice(sliceDirection, sliceNumber, hist, roiMask) Adds new ROI mask data for voxels included in this histogram, but only within the specified ROI mask.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     hist (Histogram) : the Histogram     roiMask (long) : the ROI mask to include runGenerateLogicalROI(overlays) Creates a ROI based on the intersection of a list of ImageVolumes.   Args:     overlays (java.util.List) : a list of ImageVolumes runHistogram(numBins, min, max, excludeZero, isIntegerMode) Runs a histogram.   Args:     numBins (int) : the number of histogram bins     min (float) : the histogram bin range min     max (float) : the histogram bin range max     excludeZero (bool) : true to exclude voxel value zero counts, false to include zeros     isIntegerMode (bool) : true to create equal size bins when working with integer data (may automatically change numBins) Returns:     (m_Hist) the Histogram runHistogramROI(numBins, min, max, roiMask, excludeZero, integerMode) Runs a histogram within a ROI mask.   Args:     numBins (int) : the number of histogram bins     min (float) : the histogram bin range min     max (float) : the histogram bin range max     roiMask (long) : the ROI mask to include     excludeZero (bool) : true to exclude voxel value zero counts, false to include zeros     integerMode (bool) : true to create equal size bins when working with integer data (may automatically change numBins) Returns:     (m_Hist) the Histogram runLogicalAnalysis(overlays) Runs statistics on the intersection of a list of ImageVolumes.   Args:     overlays (java.util.List) : a list of ImageVolumes runOpenROI(roiMask, kernelSize) Runs an open ROI operation.   Args:     roiMask (long) : the ROI mask to include     kernelSize (int) : the kernel size runOpenROISlice(sliceDirection, sliceNumber, roiMask, kernelSize) Runs an open ROI slice operation.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     roiMask (long) : the ROI mask to include     kernelSize (int) : the kernel size runOperation(expression, selectionArea, outputNewImage, allSeriesPoints, roiSlicesOnly) Runs an operation.   Args:     expression (str) : the expression, where "this" refers to the base volume (e.g., "this + 1" would add one to every voxel in the image)     selectionArea (int) : the selection area (see constants)     outputNewImage (bool) : true to output a new image, false to output into the existing image     allSeriesPoints (bool) : true to process all series points, alse to process only the current series point     roiSlicesOnly (bool) : true to process only those slices that contain ROI data, false to process all slices Returns:     (m_VolMan) the output VolumeManager runOperationROILogic(expression, roiOutputColorIndex) Runs a ROI logic operation.   Args:     expression (str) : the expression     roiOutputColorIndex (int) : the output ROI color index runOperationSeriesStatistic(startingSeriesIndex, endingSeriesIndex, seriesGroupSize, statisticType) Runs a series operation.   Args:     startingSeriesIndex (int) : the starting series index     endingSeriesIndex (int) : the ending series index     seriesGroupSize (int) : the series group size (e.g., 10 series points with a group size of 5 would produce a new series with 2 points)     statisticType (int) : the series statistic type (see constants) Returns:     (m_VolMan) the output VolumeManager runPlugin(pluginName, args) Runs a plugin.   Args:     pluginName (str) : the plugin name     args (java.lang.String[]) : the arguments Returns:     (java.lang.Object) returns an optional data object runPropagateROISlice(sliceDirection, sliceNumber, startSlice, endSlice, roiMask, roiOutputColorIndex) Propagates an ROI slice.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction of the slice to propagate     sliceNumber (int) : the slice number of the slice propagate     startSlice (int) : the starting slice of the propagate range     endSlice (int) : the ending slice of the propagate range     roiMask (long) : the ROI mask to include     roiOutputColorIndex (int) : the output ROI color index runRangeToROI(min, max, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Creates new ROI mask data based on a range.   Args:     min (float) : the range minimum     max (float) : the range maximum     percentMax (bool) : true if the min/max values represent percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually Returns:     (bool) true if new ROI mask data was added, false otherwise runRangeToROISlice(min, max, sliceDirection, sliceNumber, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Creates new ROI mask data based on a range.   Args:     min (float) : the range minimum     max (float) : the range maximum     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     percentMax (bool) : true if the min/max values represent percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually Returns:     (bool) true if new ROI mask data was added, false otherwise runRankFilter(kernelSize, rankType, filterType) Runs a rank filter.   Args:     kernelSize (int) : the kernel size     rankType (int) : the rank type (see contants)     filterType (int) : the filter type (see constants) runReflectROI(sliceDirection, axis, vertical, includePointsAndLines, onlySelectedLines, onlySelectedPoints) Reflects a ROI.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     axis (int) : the axis of reflection (slice number)     vertical (bool) : true to reflect vertically, false horizontally     includePointsAndLines (bool) : true to reflect points and lines, false otherwise     onlySelectedLines (bool) : true to reflect only selected lines, false otherwise     onlySelectedPoints (bool) : true to reflect only selected points, false otherwise runReflectROISlice(sliceDirection, sliceNumber, axis, vertical, includePointsAndLines, onlySelectedLines, onlySelectedPoints) Args:     sliceDirection (int) :      sliceNumber (int) :      axis (int) :      vertical (bool) :      includePointsAndLines (bool) :      onlySelectedLines (bool) :      onlySelectedPoints (bool) : runScript(scriptName) Runs a script.   Args:     scriptName (str) : the script name runSeriesROI(roi) Runs statistics on a series ROI.   Args:     roi (ROI) : the ROI Returns:     (java.util.List) a list of Analyses runSeriesStats() Runs series statistics on the currently selected ImageVolume.   Returns:     (m_Stat) a series statistic runSeriesStatsROI(roiMask, includePointsAndLines, onlySelectedPoints, onlySelectedLines) Runs ROI series statistics.   Args:     roiMask (long) : the ROI mask to include     includePointsAndLines (bool) : true to also run stats on lines and points, false otherwise     onlySelectedPoints (bool) : true to run stats on only selected points, false otherwise     onlySelectedLines (bool) : true to run stats on only selected lines, false otherwise Returns:     (java.util.List) a list of Analyses runShrinkWrapROI(roiMask, roiOutputColorIndex) Shrink wraps (3D) a ROI mask.   Args:     roiMask (long) : the roiMask to include     roiOutputColorIndex (int) : the output ROI color index runShrinkWrapROIAllSlices(sliceDirection, roiMask, roiOutputColorIndex) Shrink wraps (2D) a ROI mask in a specified slice direction.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     roiMask (long) : the ROI mask to include     roiOutputColorIndex (int) : the output ROI color index runShrinkWrapROISlice(sliceDirection, sliceNumber, roiMask, roiOutputColorIndex) Shrink wraps (2D) a ROI mask in a specified slice direction.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     roiMask (long) : the ROI mask to include     roiOutputColorIndex (int) : the output ROI color index runSliceStats(sliceDirection, sliceNumber) Run statistics on a slice.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number Returns:     (m_Stat) the slice stat runSliceStatsROI(sliceDirection, sliceNumber, roiMask, includePointsAndLines, onlySelectedPoints, onlySelectedLines) Runs statistics on a ROI slice.   Args:     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     roiMask (long) : the ROI mask to include     includePointsAndLines (bool) : true to include points and lines, false otherwise     onlySelectedPoints (bool) : true to include only selected points     onlySelectedLines (bool) : true to include only selected lines Returns:     (java.util.List) a list of Analyses runSmooth(roi) Smooths a ROI (only applies to Lines).   Args:     roi (ROI) : the ROI to smooth runStat(roi) Runs statistics on a specified ROI.   Args:     roi (ROI) : the ROI Returns:     (m_Stat) the stat runThresholdToConvexHullROI(threshold, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Adds new ROI mask data based on a threshold and in a convex hull.   Args:     threshold (float) : the threshold     percentMax (bool) : true if the threshold represents percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually runThresholdToConvexHullROISlice(threshold, sliceDirection, sliceNumber, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Adds new ROI mask data based on a threshold and in a convex hull.   Args:     threshold (float) : the threshold     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     percentMax (bool) : true if the threshold represents percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually runThresholdToROI(threshold, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Adds new ROI mask data based on a threshold.   Args:     threshold (float) : the threshold     percentMax (bool) : true if the threshold represents percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually Returns:     (bool) true if new ROI mask data was added, false otherwise runThresholdToROISlice(threshold, sliceDirection, sliceNumber, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Adds new ROI mask data based on a threshold.   Args:     threshold (float) : the threshold     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     percentMax (bool) : true if the threshold represents percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually Returns:     (bool) true if new ROI mask data was added, false otherwise runThresholdToShrinkWrapROI(threshold, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Adds new ROI mask data based on a threshold and shrink wrap (3D).   Args:     threshold (float) : the threshold     percentMax (bool) : true if the threshold represents percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually Returns:     (bool) true if new ROI mask data was added, false otherwise runThresholdToShrinkWrapROIAllSlices(threshold, sliceDirection, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Adds new ROI mask data based on a threshold and shrink wrap (2D).   Args:     threshold (float) : the threshold     sliceDirection (int) : the slice direction     percentMax (bool) : true if the threshold represents percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually Returns:     (bool) true if new ROI mask data was added, false otherwise runThresholdToShrinkWrapROISlice(threshold, sliceDirection, sliceNumber, percentMax, excludeZero, makeSeriesROI, seriesUsesDynamicThreshold) Adds new ROI mask data based on a threshold and shrink wrap (2D).   Args:     threshold (float) : the threshold     sliceDirection (int) : the slice direction     sliceNumber (int) : the slice number     percentMax (bool) : true if the threshold represents percent of image maximum, false if they refer to actual range values     excludeZero (bool) : true to exclude zero from calculation     makeSeriesROI (bool) : true to make a series ROI     seriesUsesDynamicThreshold (bool) : true only if percentMax is also true, in which case percent max is determined for each series point individually Returns:     (bool) true if new ROI mask data was added, false otherwise runVolumeStats() Runs volume statistics on the currently selected series point of the currently selected ImageVolume.   Returns:     (m_Stat) the volume stat runVolumeStatsROI(roiMask, includePointsAndLines, onlySelectedPoints, onlySelectedLines) Runs volume ROI statistics.   Args:     roiMask (long) : the ROI mask to include     includePointsAndLines (bool) : true to include points and lines, false otherwise     onlySelectedPoints (bool) : true to include selected points     onlySelectedLines (bool) : true to include selected lines Returns:     (java.util.List) a list of Analyses save() Saves this VolumeManager. saveAs(saveLocation, headerFormat, datatype, numBytes, littleEndian, compress, xMin, xMax, yMin, yMax, zMin, zMax, tMin, tMax, xSize, ySize, zSize, tSize, orientation, applyTransform, applyOverlay, overlayThreshold, overlayMix, interpolation, applyDataScales, fitPrecision, maintainZero) Saves this VolumeManager.   Args:     saveLocation (str) : the location of the file to save to     headerFormat (str) : the header format (see ImageVolume constants)     datatype (int) : (see ImageType constants)     numBytes (int) : the number of bytes per voxel (1, 2, or 4 are supported)     littleEndian (bool) : true to save multi-byte data in little endian byte order, false to use big endian byte order     compress (bool) : true to compress (not applicable to all header types)     xMin (int) : x minimum bounds     xMax (int) : x maximum bounds     yMin (int) : y minimum bounds     yMax (int) : y maximum bounds     zMin (int) : z minimum bounds     zMax (int) : z maximum bounds     tMin (int) : t minimum bounds     tMax (int) : t maximum bounds     xSize (float) : x voxel size     ySize (float) : y voxel size     zSize (float) : z voxel size     tSize (float) : t size ratio (if old size is 2 and new size is .5, then this value should be .25)     orientation (str) : the orientation (e.g., "XYZ+--")     applyTransform (bool) : true to apply the transform when saving, false otherwise     applyOverlay (bool) : true to save the currently selected overlay ImageVoluem, false to save the base volume     overlayThreshold (bool) : true to apply a threshold to the saved overlay     overlayMix (bool) : true to save both the base volume and overlay volumes in the same image (i.e., needs a split color table)     interpolation (int) : the interpolation code (see constants)     applyDataScales (bool) : true to apply data scales     fitPrecision (bool) : true to fit the image data to the bounds of the datatype     maintainZero (bool) : true to use data scale slope, but not data scale intercept (i.e., intercept = 0) saveOverlays() Saves overlays. saveROI(saveLocation) Saves ROI.   Args:     saveLocation (str) : the file location to save saveSingleROI(saveLocation, index) Saves a single ROI color.   Args:     saveLocation (str) : the file location to save     index (int) : the roi color index saveWithName(saveLocation) Saves this VolumeManager   Args:     saveLocation (str) : the location of the file to save to select(roi, select) Selects or unselects a specified ROI.   Args:     roi (ROI) : the ROI     select (bool) : true to select, false to unselect selectAll() Selects all ROI masks, lines, and points. selectMenuOption(name) Selects a menu option.   Args:     name (str) : the menu option name setCurrentSeriesPoint(seriesIndex) Sets the current series point.   Args:     seriesIndex (int) : the new series point setCurrentVolumeIndex(index) Sets the current volume by index.   Args:     index (int) : the volume index setDisplayRangeToImageRange(volume, entireSeries) Sets the display range of the specified ImageVolume to its image min/max.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume     entireSeries (bool) : true to use the min/max of the entire series, false to use the current series point setLabel(roi, label) Sets the label of the specified ROI.   Args:     roi (ROI) : the ROI     label (str) : the label setMenuOption(name, value) Sets a menu option.   Args:     name (str) : the menu option     value (bool) : the menu option value setNotes(text) Sets the note of the base volume.   Args:     text (str) : the note text setOrientationOption(volume, index) Sets the orientation option (e.g., NIFTI s-form or q-form) of the currently selected ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the image volume     index (int) : the orientation option index setSliceNumber(sliceNumber) Sets the current slice number.   Args:     sliceNumber (int) : the slice number Returns:     (bool) true if the change in slice number was successful, false otherwise setTransformMode(transform) Sets the transform mode.   Args:     transform (bool) : true to turn on transform, false to turn off transform setVolumeDisplayAlpha(volume, alpha) Sets the alpha value of the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume     alpha (float) : the alpha value (0 to 1) setVolumeDisplayColorTable(volume, colorTable) Sets the color table of the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume     colorTable (str) : the color table name setVolumeDisplayHidden(volume, hidden) Sets the hidden state of the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume     hidden (bool) : true to hide the volume, false to display it setVolumeDisplayIndex(volume, index) Sets the display index of the specified ImageVolume (cannot change base volume index).   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume     index (int) : the new index setVolumeDisplayRange(volume, screenMin, screenMax) Sets the display range of the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume     screenMin (float) : the new display range minimum     screenMax (float) : the new display range maximum setVoxelValue(coordinate, seriesIndex, value) Sets a voxel value at the specified coordinate.   Args:     coordinate (Coordinate) : the coordinate     seriesIndex (int) : the series point     value (float) : the new value showErrorMessage(message, title) Shows an error message.   Args:     message (str) : the message text     title (str) : the message title showWarningMessage(message, title) Shows a warning message.   Args:     message (str) : the message text     title (str) : the message title transform(volume, m00, m01, m02, m03, m10, m11, m12, m13, m20, m21, m22, m23, m30, m31, m32, m33) Transform the specified ImageVolume.   Args:     volume (ImageVolume) : the ImageVolume     m00 (float) : m00     m01 (float) : m01     m02 (float) : m02     m03 (float) : m03     m10 (float) : m10     m11 (float) : m11     m12 (float) : m12     m13 (float) : m13     m20 (float) : m20     m21 (float) : m21     m22 (float) : m22     m23 (float) : m23     m30 (float) : m30     m31 (float) : m31     m32 (float) : m32     m33 (float) : m33 updateViewer() Redraws this VolumeManager. Data descriptors defined here: FILTER_TYPE_SLICE (int) FILTER_TYPE_TIME (int) FILTER_TYPE_VOLUME (int) INTERPOLATION_TYPE_LINEAR (int) INTERPOLATION_TYPE_NN (int) INTERPOLATION_TYPE_SINC (int) RANK_TYPE_MAX (int) RANK_TYPE_MEDIAN (int) RANK_TYPE_MIN (int) SELECTION_TYPE_ROI_INSIDE (int) SELECTION_TYPE_ROI_OUTSIDE (int) SELECTION_TYPE_SLICE (int) SELECTION_TYPE_VOLUME (int) SERIES_TYPE_MAX (int) SERIES_TYPE_MEAN (int) SERIES_TYPE_MIN (int) SERIES_TYPE_STDEV (int) SERIES_TYPE_SUM (int) SLICE_DIRECTION_AXIAL (int) SLICE_DIRECTION_CORONAL (int) SLICE_DIRECTION_SAGITTAL (int) SLICE_DIRECTION_TEMPORAL (int) VIDEO_FORMAT_AVI_DIB (int) VIDEO_FORMAT_AVI_MJPG (int) VIDEO_FORMAT_AVI_PNG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_ANIMATION (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_JPEG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_PNG (int) VIDEO_FORMAT_QUICKTIME_RAW (int) VIDEO_QUALITY_BEST (int) VIDEO_QUALITY_FASTEST (int) VIDEO_QUALITY_GOOD (int) baseVolume (m_Vol) the base volume (read-only) currentPosition (m_Coord) the currently selected position currentVolume (m_Vol) the currently selected volume (read-only) currentVolumeOverlay (bool) true if the currently selected volume is an overlay, false if it is the base volume (read-only) currentVolumeUsingTransform (bool) true if the currently selected volume is using a transform. (read-only) currentWorldPosition (m_Coord) the currently selected position in world space (read-only) frame (javax.swing.JFrame) the parent window of this viewer (read-only) histogramAnalysis (m_Hist) the result of the last Histogram (read-only) loadedURI (java.net.URI) the URI (read-only) mainImage (java.awt.image.BufferedImage) the rendered image (read-only) managerTitle (str) a nicely formatted title for this VolumeManager (read-only) multiSliceMode (bool) true if the application is in multi-slice ROI mode, false otherwise (read-only) origin (m_Coord) the origin of the base volume overlays (java.util.List) a list of overlay volumes (read-only) projectionManager (m_ProjMan) the ProjectionManager (read-only) roiColor (int) the currently selected ROI color index roiData (m_ROIData) a ROIData object (read-only) scriptObjectName (str) the name reference of this viewer (read-only) sliceDirection (int) the currently selected slice direction sliceNumber (int) the currently selected slice number (read-only) surfaceManager (m_SurfMan) the SurfaceManager (read-only) version (str) the Mango version (read-only) volumes (java.util.List) a list of all loaded ImageVolumes (read-only) worldMode (bool) true if the application is using world mode (read-only)   class m_VoxelDims     VoxelDimensions contains information related to voxel size in column/row/slice and x/y/z orientations, as well as temporal resolution and units.     Methods defined here: clearNegativeVoxelSizes() Replaces any stored negative voxel sizes with their absolute value. getColSize(abs) Returns the size of a voxel's column dimension.   Args:     abs (bool) : a negative value will be converted to positive, if true Returns:     (float) size of a voxel's column dimension getRowSize(abs) Returns the size of a voxel's row dimension.   Args:     abs (bool) : a negative value will be converted to positive, if true Returns:     (float) size of a voxel's row dimension getSliceThickness(abs) Returns the size of a voxel's slice dimension.   Args:     abs (bool) : negative value will be converted to positive, if true Returns:     (float) size of a voxel's slice dimension setColNegativeState(bool) Sets the negative state of voxel column size.   Args:     bool (bool) : if true, column size will be set as negative; positive otherwise setColSize(val) Sets the size of a voxel along the column dimension.   Args:     val (float) : size of a voxel along the column dimension setRowNegativeState(bool) Sets the negative state of voxel row size.   Args:     bool (bool) : if true, row size will be set as negative; positive otherwise setRowSize(val) Sets the size of a voxel along the row dimension.   Args:     val (float) : size of a voxel along the row dimension setSliceNegativeState(bool) Sets the negative state of voxel slice size.   Args:     bool (bool) : if true, slice size will be set as negative; positive otherwise setSliceThickness(val) Sets the size of a voxel along the slice dimension.   Args:     val (float) : size of a voxel along the slice dimension setValues(vd, updateXYZ) Set the values of this VoxelDimensions to that of another.   Args:     vd (VoxelDimensions) : replacement VoxelDimensions object     updateXYZ (bool) : xyz values will be replaced, if true Data descriptors defined here: TE1 (float) size of TE1 TE2 (float) size of TE2 TR (float) size of TR UNITS_HZ (short) UNITS_METER (short) UNITS_MICRON (short) UNITS_MM (short) UNITS_MSEC (short) UNITS_PPM (short) UNITS_RADS (short) UNITS_SEC (short) UNITS_UNKNOWN (short) UNITS_USEC (short) UNIT_STRING ([Ljava.lang.String;) XSize (float) size of voxel along X dimension YSize (float) size of voxel along Y dimension ZSize (float) size of voxel along Z dimension axialArea (float) area of a voxel in the axial plane (read-only) coronalArea (float) area of a voxel in the coronal plane (read-only) sagittalArea (float) area of a voxel in the sagittal plane (read-only) spatialUnit (int) spatial unit code spatialUnitMultiplier (float) a multiplier to convert units to mm (read-only) temporalUnit (int) temporal unit code temporalUnitMultiplier (float) a multiplier to convert units to seconds (read-only) valid (bool) true if valid (read-only) variableSpacing (float) the array variableTiming (float) the array volume (float) volume of a voxel. (read-only)